南寧地鐵公司不屬于鐵路系統的，鐵路屬于央企，軌道屬于市直國企，南寧地鐵屬南寧市直國企南寧軌道交通集團有限責任公司管理，南寧軌道交通集團由南寧市人民政府領導，并由市人民政府授權南寧市國資委履行出資人職責，具有獨立法人資格、自主經營、獨立核算的南寧市直國企，軌道和鐵路交通一般都是國企的，南寧軌道交通集團屬于南寧幾大國企之一。
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南寧軌道交通集團公司注冊資本金 2億元，員工人數5000多人。
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有以下下屬公司：南寧軌道交通集團運營分公司、南寧軌道交通集團建設分公司、南寧軌道交通集團混凝土分公司、南寧軌道交通集團資源開發分公司、南寧軌道交通集團房地產分公司、南寧軌道交通集團投資開發分公司、南寧城鐵房地產開發有限責任公司、南寧軌道交通二號線建設有限公司、南寧軌道混凝土有限公司、南寧軌道江南混凝土有限公司、南寧市投資開發公司、南寧南車軌道交通裝備有限公司、南寧中鐵廣發軌道裝備有限公司